給食費を私的流用したとしてNPO法人が長崎市立小学校の元校長を業務上横領容疑で告発していた問題で、長崎地検が告発状を受理していたことが、3月7日分かった。告発状などによると、元校長は在職中、給食費を私的債務の返済のために流用。問題発覚後の06年4月、実態解明がされない中で、退職金約2050万円を取得したとしている。告発したNPO法人「長崎教育研究所」（長崎市）は06年8月、退職金は県費の不当支出に当たるとして、住民監査請求をしたが県監査委員が棄却。監査結果を不服として住民訴訟を起こしている。